Takara Full transcriptome analysis of single cells with the SMART-Seq Stranded Kit

SMART-Seq Stranded Kit 개요

SMART-Seq Stranded Kit은 단일 세포 및 초저량 RNA 시료에서 전체 전사체를 분석할 수 있도록 설계된 키트입니다. 랜덤 프라이밍 방식을 사용하여 비폴리아데닐화(nonpolyadenylated) 전사체까지 포착할 수 있으며, 스트랜드 정보가 보존된 Illumina 시퀀싱 라이브러리를 생성합니다.
키트에는 cDNA 합성과 증폭, ZapR 기반 rRNA 제거, Illumina 호환 라이브러리 준비를 위한 시약이 포함되어 있습니다.

주요 특징

• 7시간 내 스트랜드형 Illumina 시퀀싱 라이브러리 생성 가능
• 1–1,000개의 포유류 세포 또는 10 pg–10 ng의 총 RNA 분석에 적합
• 단일 세포 또는 총 RNA에서 코딩 및 비코딩 전사체의 정확하고 재현성 높은 검출
• SMART-Seq v4 Ultra Low Input RNA Kit과 유사한 민감도

oligo(dT) 프라이밍을 선호할 경우, SMART-Seq HT Kit 또는 SMART-Seq v4 Ultra Low Input RNA Kit for Sequencing을 권장합니다.

SMART-Seq Stranded Kit Workflow

Figure 1. SMART-Seq Stranded Kit 워크플로우 개요.
SMART-Seq Stranded Kit은 전체 전사체를 포착하고 스트랜드 정보를 유지하는 시퀀싱 라이브러리를 생성하는 과정을 간소화합니다.

SMART-Seq Stranded Kit 성능 데이터

Sequencing alignment metrics for A375 total RNA and cells

Figure 2. 다양한 세포 입력량에서 높은 재현성.
A375 세포(FACS 분리)를 사용하여 1–1,000개 세포 입력량으로 RNA-seq 라이브러리를 제작하였으며, 입력량에 관계없이 높은 일관성과 재현성을 보였습니다.

SMART-Seq Stranded Kit vs SMART-Seq v4

Figure 3. SMART-Seq v4와 SMART-Seq Stranded Kit의 비교.
K562 단일 세포(FACS 분리)를 이용하여 두 키트로 RNA-seq 라이브러리를 제작하였을 때,

• 두 키트 간 전사체 식별의 83.8%가 중복됨 (FPKM >1 기준)
• 단일 세포 간 검출된 전사체 수가 유사하며, SSv4 키트는 약간 더 좁은 분포를 보임
• 전체 세포 간 전사체 발현 수준의 상관관계(Pearson correlation)가 두 키트 모두 높고, Stranded 키트에서 약간 더 일관됨

응용 분야 (Applications)

• 포유류 세포(1–1,000개) 또는 총 RNA(10 pg–10 ng)로부터 7시간 내 Illumina 시퀀싱용 라이브러리 생성
• 스트랜드 정보가 포함된 전체 전사체 시퀀싱

추가 정보

제품의 저장 조건, 구성품 및 기술 사양은 Certificate of Analysis에서 확인할 수 있습니다.
Kit Components List는 Documents 탭에서 확인 가능합니다.

제품 이미지