Takara SMART-Seq mRNA HT LP and SMART-Seq mRNA HT

Overview

• 자동화 가능한 간소화된 워크플로우: 더 많은 샘플을 더 빠르게 처리하고 자동화 플랫폼 공간을 효율적으로 활용
• 탁월한 감도: 단일 세포(1–100 cells) 또는 10 pg–1 ng의 total RNA로 시작 가능
• 고품질 RNA-seq 데이터: 전장 전사체 커버리지, 낮은 rRNA 비율, GC-rich 전사체의 폭넓은 표현
• 단일 튜브 워크플로우: cDNA 합성과 라이브러리 준비를 각각 하나의 튜브에서 수행하여 샘플 손실 및 오류 최소화
• 시퀀싱 효율 향상: 고유한 듀얼 인덱스로 다중 샘플 풀링 및 NovaSeq™ 시스템에서 신뢰성 있는 시퀀싱 가능
• 높은 라이브러리 수율: 대용량 시퀀서(NovaSeq 등)에서 안정적 시퀀싱 가능하며, 여분의 라이브러리를 보관 가능

데이터는 SMART-Seq mRNA HT 및 SMART-Seq mRNA HT LP와 동일한 화학 반응을 사용하는 [SMART-Seq HT Kit] 및 [SMART-Seq HT PLUS]를 기반으로 합니다.

SMART-Seq HT의 간소화된 워크플로우

Figure 1. SMART-Seq v4와 SMART-Seq HT 키트 워크플로우 비교.
SMART-Seq v4 방법(왼쪽)은 손쉬운 워크플로우(SMART-Seq HT, 오른쪽)를 위해 수정되었습니다.
단일 세포를 FACS로 분리한 후 SMART-Seq HT 키트는 단 3단계의 수작업만 필요합니다(기존 v4는 6단계).
핵심 단계는 One-Step RT-PCR로, 역전사 및 효율적인 PCR cDNA 증폭을 위해 최적화된 One-Step RT-PCR Buffer를 사용합니다.
이 버퍼는 Lysis Buffer 추가 없이 AMPure bead 정제와 직접 호환됩니다.
생성된 cDNA는 Illumina Nextera® XT DNA Library Preparation Kit로 시퀀싱 라이브러리 준비 전 검증이 필요합니다.

SMART-Seq HT의 성능 비교

Table 1. SMART-Seq v4와 SMART-Seq HT 간 전사체 검출의 높은 일치도.
10 pg Mouse Brain Total RNA로부터 준비된 라이브러리는 Illumina Nextera XT DNA Library Preparation Kit로 변환 후 NextSeq® (2 x 75 bp)에서 시퀀싱되었습니다.
모든 샘플은 1,300만 paired-end reads로 정규화 후 분석되었습니다.

Figure 2. SMART-Seq HT PLUS는 Nextera XT 대비 더 많은 라이브러리와 유전자 검출을 제공.

• Panel A: SMART-Seq HT를 사용하여 10 pg Mouse Brain Total RNA에서 cDNA를 3회 반복 생성
• Panel B: SSlp 라이브러리 수율이 Nextera XT 대비 높음
• Panel C: SSlp가 Nextera XT보다 약 10% 더 많은 유전자를 검출

Applications

• 단일 세포 또는 total RNA로부터의 cDNA 합성 및 전사체 시퀀싱용 라이브러리 준비
• 차세대 시퀀싱(NGS) 라이브러리 준비의 자동화

Additional Product Information

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