Takara SMARTer Human TCR a/b Profiling Kit v2—flexible kit with ultimate sensitivity for understanding the TCR repertoire

SMARTer Human TCR a/b Profiling Kit v2

공급업체: Takara
Cat. #634478, #634479

Note: 본 제품은 곧 단종 예정입니다. 신규 제품은 SMART-Seq Human TCR (with UMIs) (Cat. #634780, 634781, 634779)을 권장합니다.

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제품 개요

SMARTer Human TCR a/b Profiling Kit v2 (TCRv2)는 SMART(Switching Mechanism at 5′ end of RNA Template) 기술을 기반으로 한 전체 길이 cDNA 합성 방식과 5′-RACE 접근법을 결합하여 TRA 및 TRB 유전자의 완전한 V(D)J 가변 영역을 포착합니다.
이 키트는 높은 민감도와 재현성을 제공하며, 다양한 RNA 입력량(RIN ≥8)에 대응합니다.

입력 범위:

• 말초혈액 백혈구 RNA: 10 ng ~ 1 µg
• 전혈 RNA: 20 ng ~ 200 ng
• T세포 RNA: 1 ng ~ 100 ng
• 정제된 전체 T세포: 1,000 ~ 10,000 cells

UMI(Unique Molecular Identifier) 적용으로 PCR 중복 및 시퀀싱 오류를 제거하여 정확한 결과를 제공합니다. 또한 Illumina 호환 Dual Index Plate(UDI)를 포함하여 시퀀싱 라이브러리를 생성할 수 있습니다.

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분석 소프트웨어

Illumina 시퀀서로 생성된 출력 파일은 Cogent NGS Immune Profiler Software를 사용하여 분석할 수 있습니다.
이 소프트웨어는 클로노타입 카운트 및 V(D)J 서열 분석을 지원합니다.

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주요 특징 및 장점

• UMI를 통한 PCR 및 시퀀싱 오류 교정
• UDI 추가로 고신뢰도 시퀀싱 및 샘플 풀링 가능
• 모든 Illumina 기기에서 시퀀싱 가능
• MiSeq™ 시스템에서 전체 V(D)J 분석 가능
• Cogent NGS Immune Profiler Software를 통한 신속한 데이터 분석

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제품 사양 요약

항목	내용
입력 시료	Total RNA 또는 정제된 T세포
RNA 품질	RIN ≥8
입력량 범위	1 ng ~ 1 µg (시료 종류에 따라 상이)
시퀀싱 플랫폼	Illumina 전 기종
분석 영역	TCRα 및 TCRβ V(D)J 영역
UMI 적용	있음
UDI 포함	있음
분석 소프트웨어	Cogent NGS Immune Profiler

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성능 데이터

Figure 1. Sensitive and reproducible clonotype detection

TRA 및 TRB 라이브러리는 1, 10, 100 ng의 human CD3+ T-cell RNA 및 1,000, 10,000 CD3+ T세포로부터 생성되었습니다. 시퀀싱은 Cogent NGS Immune Profiler Software로 분석되었습니다.

% Jurkat RNA (spiked in 100 ng PBMC RNA)	Total Reads	Without UMI Collapse	Detected %	With UMI Collapse	Detected %
10.0%	2,500,000	1,565,005	25.0%	281,280	22.0%
1.0%	2,500,000	1,422,102	3.3%	219,776	2.9%
0.1%	2,500,000	1,366,127	0.4%	189,580	0.33%
0.01%	2,500,000	1,218,025	0.043%	196,615	0.038%
0.001%	2,500,000	1,331,465	0.068%	197,870	0.003%
0.0001%	2,500,000	1,409,199	0%	124,149	0%
0%	2,500,000	1,222,245	0%	197,933	0%

Table 1. SMARTer 접근법의 민감도 및 재현성 평가.
PBMC RNA에 Jurkat T세포 RNA를 다양한 농도로 스파이크하여 분석하였으며, UMI 적용 시 중복 제거 효과가 확인되었습니다.

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Figure 2. Superior sensitivity and reproducibility

5M PBMC 세포를 두 건강한 공여자에서 분리하여 RNA 및 gDNA 추출 후 비교 분석을 수행했습니다.
TCRv2는 TRA 평균 48.7K, TRB 평균 163K 클로노타입을 검출하여 타사 대비 145~290% 향상된 성능을 보였습니다.

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응용 분야

• 인간 TCR 레퍼토리 분석 (TCRα 및 TCRβ)

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추가 정보

제품의 보관 조건, 구성품, 기술 사양은 Certificate of Analysis 및 Kit Components List를 참조하십시오. 해당 문서는 제품 페이지의 Documents 탭에서 확인 가능합니다.

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제품 이미지