Takara SMART-Seq Human TCR (with UMIs)

Takara SMART-Seq Human TCR (with UMIs)

NOTE:
SMART-Seq Human TCR (with UMIs)는 기존 SMARTer Human TCR a/b Profiling Kit v2를 소폭 업데이트한 동일 성능의 대체 제품입니다. 프로토콜과 기능적 성능에는 변화가 없습니다.
인덱스 프라이머는 포함되어 있지 않으며, 별도의 Unique Dual Index (UDI) kits를 통해 선택적으로 구매할 수 있습니다.

이 키트는 SMART (Switching Mechanism at 5′ end of RNA Template) 기술을 기반으로 한 전장 cDNA 합성 및 5′-RACE 접근법을 활용하여 인간 TRA 및 TRB 유전자의 완전한 V(D)J 가변 영역을 포착합니다. 강력한 화학적 기반으로 높은 민감도와 재현성을 제공합니다.

주요 특징

• UMI 기반 오류 보정으로 PCR 및 시퀀싱 오류 제거
• UDI 호환으로 패턴드 플로우셀(NovaSeq™ 등)에서 높은 신뢰도 확보 및 샘플 풀링 가능
• 모든 Illumina 플랫폼에서 시퀀싱 가능
• 전장 V(D)J 또는 CDR3 전용 분석 선택 가능
• Cogent NGS Immune Profiler Software 및 Immune Viewer 지원으로 빠르고 직관적인 데이터 분석

Overview

• Sample compatibility:
  • Total RNA:
    • 10 ng–1 µg (peripheral blood leukocytes)
    • 20–200 ng (whole blood)
    • 1–100 ng (T cells)
  • Purified T cells: 1,000–10,000 cells
• PCR amplification: 각 TCR 서브유닛(α 또는 β)별 단일 프라이머 세트 사용
• UMI 기반 보정: PCR 중복 및 시퀀싱 오류 제거
• 민감하고 특이적인 클로노타입 검출: 최적화된 cDNA 라이브러리 생성
• UDI 구현: 고처리량 시퀀서에서 멀티플렉싱 향상
• Illumina 호환 라이브러리: 최대 384개 라이브러리 멀티플렉싱 가능
• 유연한 시퀀싱 옵션: MiSeq™에서 전장 V(D)J 분석 또는 모든 Illumina 플랫폼에서 CDR3 분석
• 완전한 워크플로우: Cogent NGS Immune Profiler 및 Immune Viewer를 통한 분석 및 시각화 지원
  ※ Cogent NGS 소프트웨어는 학술 및 상업 연구 모두 무료로 사용 가능

응용 분야

• 인간 TCR 레퍼토리 분석 (TCRα 및 TCRβ 서브유닛)

추가 제품 정보

제품의 보관 조건, 구성품, 기술 사양은 Certificate of Analysis에서 확인할 수 있습니다. Kit Components List를 통해 구성품을 확인하세요. 관련 문서는 Documents 탭에서 제공됩니다.

실험 데이터

Figure 1. Sensitive and reproducible clonotype detection from a broad range of RNA amounts.
TRA 및 TRB 라이브러리는 다양한 양(1, 10, 100 ng)의 인간 CD3+ T 세포 total RNA 및 1,000, 10,000 CD3+ T 세포에서 생성되었습니다. 시퀀싱 결과는 Cogent NGS Immune Profiler Software로 분석되었습니다.

Table 1. Assessing the sensitivity and reproducibility of the SMART-Seq approach.
PBMC RNA 샘플에 다양한 농도의 Jurkat T 세포 RNA를 스파이크하여 반복 실험을 수행하였습니다. TRB CDR3 영역을 증폭 후 Illumina NextSeq® 시스템에서 2×150 bp로 시퀀싱하였으며, UMI 보정 전후의 검출 한계를 비교하였습니다.

Figure 2. Superior sensitivity and reproducibility.
두 명의 건강한 기증자로부터 PBMC 세포를 분리하여 RNA 및 gDNA를 추출하였습니다. RNA 기반 접근법으로 더 많은 클로노타입을 검출하였으며, Takara Bio 키트는 경쟁사 대비 TRA 290%, TRB 145% 높은 검출 효율을 보였습니다.

제품 이미지