Thermo Fisher Scientific Oncomine Pan-Cancer Cell-Free Assay

Thermo Fisher Scientific Oncomine™ Pan-Cancer Cell-Free Assay

The Oncomine Pan-Cancer Cell-Free Assay is part of a complete solution designed to detect multiple targets in tumor-derived DNA and RNA isolated from the plasma fraction of whole blood. It provides reagents and a single pool of multiplex PCR primers for generating an amplicon library from cell-free total nucleic acid (cfTNA) obtained from a single 10‑mL blood tube. The library supports highly multiplexed targeted next-generation sequencing (NGS).

주요 특징

• 단일 혈액 튜브(10 mL)에서 DNA와 RNA 모두 분석 가능
• SNV 검출 한계 0.1%, 높은 민감도(>80%) 및 특이도(>98%)
• 짧은 cfDNA에 최적화된 앰플리콘 크기
• Tag Sequencing 기술로 무작위 오류 제거
• 고도로 멀티플렉스된 NGS로 시퀀싱 비용 절감
• 2일 내 결과 확인 가능 (표적 라이브러리 준비 시간 약 4시간)
• 5 ng cfTNA로 암 유전학 연구 가능
• FFPE 샘플과 호환되어 일치성 연구 가능

52-유전자 패널 구성

• Hotspot genes (SNVs/indels): AKT1, ALK, AR, ARAF, BRAF, CHEK2, CTNNB1, DDR2, EGFR, ERBB2, ERBB3, ESR1, FGFR1, FGFR2, FGFR3, FGFR4, FLT3, GNA11, GNAQ, GNAS, HRAS, IDH1, IDH2, KIT, KRAS, MAP2K1, MAP2K2, MET, MTOR, NRAS, NTRK1, NTRK3, PDGFRA, PIK3CA, RAF1, RET, ROS1, SF3B1, SMAD4, SMO
• Gene fusions: ALK, BRAF, ERG, ETV1, FGFR1, FGFR2, FGFR3, MET, NTRK1, NTRK3, RET, ROS1
• MET exon 14 skipping
• Copy number genes (CNVs): CCND1, CCND2, CCND3, CDK4, CDK6, EGFR, ERBB2, FGFR1, FGFR2, FGFR3, MET, MYC
• Tumor suppressor genes: APC, FBXW7, PTEN, TP53

이 유전자들은 방광암, 뇌 및 중추신경계암, 유방암, 자궁경부암, 대장암, 자궁내막암, 식도암, 위암, 두경부암, 신장암, 간암, 폐암, 흑색종, 난소암, 췌장암, 전립선암, 육종, 갑상선암 등 다양한 암종에서 빈번히 변이됨이 보고되었습니다.

검출 한계 (Detection Limits)

* 민감도 및 특이도는 대조 샘플 및 정상 cfTNA 샘플을 통해 검증됨.

기술 개요

cfDNA와 cfRNA는 혈장 내 농도가 매우 낮기 때문에, 본 어세이는 Tag Sequencing 기술을 적용합니다.

• 유전자 특이적 프라이머에 고유 분자 태그를 부착하여 증폭 후 동일 태그 그룹을 분석
• 동일 변이 비율이 80% 이상인 그룹만 양성으로 판정
• 라이브러리 제작 및 시퀀싱 과정 중 무작위 오류 제거

이 기술을 통해 SNV의 검출 한계를 0.1%까지 낮출 수 있으며, 20 ng cfTNA 입력 시 최적의 LOD를 달성합니다.

액체 생검의 장점

• 비침습적 시료 채취로 암 진행 모니터링 가능
• 기존 조직 생검 대비 비용 절감
• 빠른 결과 확인
• 종양 이질성 반영에 유리

권장 시약 및 분석 소프트웨어

• 추출: MagMAX™ Cell-Free Total Nucleic Acid Isolation Kit (Cat. No. A36716)
• 바코딩: Tag Sequencing Barcode Set 1–24 (A31830) 또는 25–48 (A31847)
• 분석:
  • SNVs 및 short indels: Torrent Suite Software 5.2 이상
  • SNVs, indels, fusions, CNVs: Ion Reporter Software 5.6 (클라우드 또는 서버 버전)

사양