Thermo Fisher Scientific Oncomine Breast cfDNA Research Assay v2

Thermo Fisher Scientific Oncomine Breast cfDNA Research Assay v2

Ion Torrent™ 플랫폼 기반의 Oncomine™ Breast cfDNA Research Assay v2는 세포유리 DNA(cfDNA) 내 유방암 유래 종양 DNA(ctDNA)를 검출하기 위한 완전한 솔루션의 일부입니다.
이 키트는 cfDNA 라이브러리 구축을 위한 시약과 단일 풀의 다중 PCR 프라이머 세트를 제공하여, 10 mL 전혈의 혈장 분획에서 얻은 cfDNA로부터 앰플리콘 라이브러리를 준비할 수 있습니다.

액체 생검의 장점

• 비침습적이며, 여러 시점에서 시료 채취 가능
• 낮은 비용
• 빠른 결과 산출
• 종양 이질성 반영 가능

분석 가능 대상

• Hotspot genes: AKT1, EGFR, ERBB2, ERBB3, ESR1, FBXW7, KRAS, PIK3CA, SF3B1, TP53 (약 152개 핫스팟)
• Copy number genes (CNVs): CCND1, ERBB2, FGFR1
• Full length genes: TP53 (약 80% 커버리지)

이들 유전자는 유방암에서 빈번히 변이되는 것으로 알려져 있습니다.

검출 한계 (LOD)

Tag Sequencing 기술을 통해 낮은 검출 한계를 달성할 수 있습니다.

• SNVs/short indels: LOD 0.1%, 민감도 약 80%, 특이도 >99%
• TP53 변이 검출: LOD 0.5%
• CNV 검출: ERBB2 및 FGFR1 1.2배, CCND1 1.4배 증폭 검출 가능 (민감도 >90%, 특이도 >99%)

전체 워크플로우는 MagMAX Cell-Free DNA Isolation Kit (Cat. No. A29319)로 cfDNA를 분리한 후, Ion S5 XL 시퀀싱 시스템을 이용해 2일 만에 분석이 가능합니다.

기술 개요

cfDNA (ctDNA)는 혈액 내 매우 낮은 농도로 존재하기 때문에, 본 어세이는 Tag Sequencing 기술을 사용합니다.
이 기술은 유전자 특이적 프라이머에 고유 분자 태그를 부착하여, 증폭 후 동일 태그 그룹 내 변이 검출 빈도가 80% 이상일 경우 양성으로 판정합니다.
이를 통해 라이브러리 구축 및 시퀀싱 과정에서 발생하는 오류를 제거합니다.

장점

• 짧은 cfDNA에 최적화된 앰플리콘 디자인으로 높은 캡처 효율
• 고도로 다중화된 NGS 설계로 시퀀싱 비용 절감
• 2일 내 완성되는 효율적 워크플로우

분석 소프트웨어

• SNVs 및 short indels 분석: Torrent Suite Software 5.2 이상
• SNVs, short indels, CNVs 분석: Ion Reporter 5.6 (클라우드 또는 서버 기반)

Tag Sequencing 기술의 단순성, 속도, 확장성

• 최소 1 ng cfDNA로 타깃 라이브러리 구축 가능
• 표준 PCR 장비 사용, 두 단계 PCR(태그 부착 및 라이브러리 증폭)으로 간단한 절차
• FFPE 샘플과의 일치성 연구 가능
• 라이브러리 구축 시간: 약 3.5시간
• Tag Sequencing Barcode Set 1–24 (Cat. No. A31830) 또는 25–48 (Cat. No. A31847) 사용 시 Ion S5 칩에서 다중 샘플 처리 가능

*민감도와 특이도는 인위적 양성 샘플 및 정상 공여자 cfDNA를 사용하여 검증되었습니다.

사양 (Specifications)

제품 이미지

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