Thermo Fisher Scientific Oncomine Breast cfDNA Assay

Thermo Fisher Scientific Oncomine™ Breast cfDNA Assay

The Oncomine™ Breast cfDNA Assay is part of a complete solution for detecting breast tumor–derived DNA (ctDNA) in cell-free DNA (cfDNA). It provides reagents for library construction and a single pool of multiplex PCR primers for preparing amplicon libraries from cfDNA obtained from the plasma fraction of a single tube of whole blood.

This assay enables analysis of single nucleotide variants (SNVs) and short indels frequently mutated in breast cancer.
Ten genes with more than 150 hotspots are covered: AKT1, EGFR, ERBB2, ERBB3, ESR1, FBXW7, KRAS, PIK3CA, SF3B1, TP53.
Through tag sequencing technology, a limit of detection (LOD) down to 0.1% can be achieved.

Note: Target and hotspot BED files and User Guide document for cfDNA Variant Analysis with Torrent Suite Software 5.2 can be found under Documents.

주요 특징

• 최적화된 짧은 앰플리콘 디자인 (약 170 bp)으로 분절된 cfDNA 분석에 적합
• SNV 및 hotspot indel 검출, LOD 0.1%까지 가능
• 높은 민감도 및 특이도, 낮은 위양성률
• Ion 530™ Chip에서 12 샘플 동시 분석 가능
• 단일 혈액 튜브에서 결과까지 2일 내 완성

액상 생검의 장점

• 비침습적 접근으로 여러 시점에서 샘플링 가능
• 기존 조직 생검 대비 낮은 비용
• 신속한 결과 도출
• 종양 이질성 포착 향상

전체 워크플로우는 MagMAX™ Cell-Free DNA Isolation Kit를 이용한 cfDNA 분리부터 Ion S5™ XL Sequencing System을 통한 분석까지 2일 내 완료할 수 있습니다.

기술 개요

ctDNA는 혈액 내 매우 낮은 농도로 존재하므로, 본 키트는 태그 시퀀싱(tag sequencing) 기술을 사용합니다.
이 기술은 각 유전자 특이적 프라이머에 고유한 분자 태그를 부착하여 동일 태그를 가진 증폭산물을 그룹화합니다.
동일 변이를 포함하는 패밀리는 변이로 판정되고, 라이브러리 구축 또는 시퀀싱 과정에서 발생한 무작위 오류는 제거됩니다.

일반적인 기술의 LOD(1–5%)보다 향상된 0.1% LOD (1,000개 중 1개 돌연변이 검출) 달성 가능.
LOD 0.1%를 위해 20 ng cfDNA 입력 필요하며, 1 ng까지도 사용 가능하지만 감도는 입력량에 따라 달라집니다.

단순하고 빠른 태그 시퀀싱 워크플로우

• 단 1 ng의 cfDNA로 타깃 라이브러리 구축 가능
• 표준 PCR 장비 사용, 두 번의 간단한 PCR 반응으로 라이브러리 제작
• FFPE 샘플과도 호환되어 일치성 연구 가능
• 타깃 라이브러리 제작 시간: 약 3.5시간
• Tag Sequencing Barcode Set 1–24 (Cat. No. A31830) 또는 25–48 (Cat. No. A31847) 사용으로 멀티플렉싱 가능

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사양 (Specifications)