Thermo Fisher Scientific Oncomine Colon cfDNA Assay

Thermo Fisher Scientific Oncomine Colon cfDNA Assay

The Oncomine™ Colon cfDNA Assay is part of a complete solution designed to detect colon or other gastro-intestinal tumor-derived DNA (ctDNA) in cell-free DNA (cfDNA). It provides reagents for library construction and a single pool of multiplex PCR primers for preparing amplicon libraries from cfDNA obtained from the plasma fraction of a single tube of whole blood.

This assay enables analysis of single nucleotide variants (SNVs) and short indels frequently mutated in colon/gastro-intestinal cancers. Fourteen genes with over 240 hotspots are covered:

Genes: AKT1, BRAF, CTNNB1, EGFR, ERBB2, FBXW7, GNAS, KRAS, MAP2K1, NRAS, PIK3CA, MAD4, TP53, APC.

Through tag sequencing technology, a limit of detection (LOD) down to 0.1% can be achieved.

주요 특징

• 최적화된 짧은 앰플리콘 디자인(약 170 bp)으로 단편화된 cfDNA에 적합
• SNVs 및 hotspot indels 검출 (LOD 0.1%)
• 매우 높은 민감도와 특이도
• Ion 530™ Chip에서 6개 샘플 동시 분석 가능
• 단일 혈액 튜브에서 결과까지 2일 내 완료

액체생검의 장점

• 비침습적 샘플 채취로 여러 시점에서 종양 진행 모니터링 가능
• 조직 생검 대비 낮은 비용
• 빠른 결과 산출
• 더 높은 종양 이질성 포착 가능

전체 워크플로우는 MagMAX™ Cell-Free DNA Isolation Kit를 이용한 cfDNA 분리부터 Ion S5™ XL 시스템을 통한 분석까지 약 2일 내에 완료됩니다.

기술 개요

ctDNA는 혈액 내 매우 낮은 농도로 존재하므로, 본 어세이는 태그 시퀀싱(tag sequencing) 기술을 사용합니다.
이 기술은 유전자 특이적 프라이머에 고유 분자 태그를 부착하여, 동일 태그를 가진 증폭 산물들을 하나의 “family”로 그룹화합니다.
동일한 변이를 가진 family는 변이 호출에 사용되며, 라이브러리 구축 또는 시퀀싱 과정에서 발생한 무작위 오류는 제거됩니다.

LOD는 0.1%까지 유연하게 조정 가능하며, 20 ng cfDNA 입력 시 0.1% LOD 달성 가능합니다. 입력량이 적을 경우(최소 1 ng) 검출 한계는 증가합니다.

태그 시퀀싱 기술의 단순성, 속도, 확장성

• 최소 1 ng cfDNA로 타깃 라이브러리 구축 가능
• 표준 PCR 장비 사용, 2회의 간단한 PCR 반응으로 라이브러리 제작
• FFPE 샘플과도 호환되어 일치도 연구 가능
• 타깃 라이브러리 제작 시간: 약 3.5시간
• Tag Sequencing Barcode Set 1–24 (Cat. No. A31830) 또는 25–48 (Cat. No. A31847) 사용으로 멀티플렉싱 가능

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제품 사양

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