Thermo Fisher Scientific Axiom Apple Genotyping Array

Applied Biosystems™ Axiom™ Apple Genotyping Array

Axiom™ Apple Genotyping Array (Axiom_Apple480)는 Affymetrix Expert Design Program을 통해 FruitBreedomics 컨소시엄(www.FruitBreedomics.com)과 협력하여 설계되었습니다. 시퀀싱 및 마커 선정은 Fondazione Edmund Mach, INRA, Dalhousie University, Wageningen UR, University Di Bologna, Universita Degli Studi Di Milano의 전문가들이 수행했습니다.

96-포맷 어레이에는 63종의 Malus domestica 품종과 두 개의 더블 하플로이드 접근종의 전장 유전체 시퀀싱 데이터를 기반으로 식별된 마커가 포함되어 있습니다. 아래 표는 SNP 발견 과정에서 사용된 품종의 국가별 분포를 보여줍니다.

Axiom Apple Genotyping Array는 480,000개의 마커를 포함하며, Axiom™ Analysis Suite 소프트웨어와 함께 사과 유전체에서 흔히 발생하는 다배체성, 빠른 LD(연관 불균형) 소멸, 높은 다형성 문제를 효과적으로 해결합니다.

Array Highlights

• 매우 높은 다양성
• 전 세계 63종 M. domestica 품종에서 발견된 마커 포함
• LD의 빠른 소멸을 해결하기 위한 고해상도 설계
  • 487,249개의 마커 포함
  • MAF(소수 대립유전자 빈도) > 0.05인 일반 변이에 편향
  • 21,463개의 검증된 마커 포함: 기존 20K FruitBreedomics Apple Array의 19,990개 마커 및 GBS(genotyping-by-sequencing)로 식별된 1,473개 마커
• 더블 하플로이드 접근종을 이용한 SNP 발견으로 상동 변이(paralogous variants) 제거

Applications

• 고해상도 유전자 지도 구축
• 양적 형질좌(QTL) 정밀 매핑
• 전장 유전체 연관 분석(GWAS)

Required Products

• GeneChip Command Console Software
• GeneTitan Multi-Channel Instrument

Table 1. Country of Origin and Number of Cultivars Used in SNP Discovery

제품 사양