Thermo Fisher Scientific Axiom Apple Genotyping Array
480K SNP 마커를 포함한 고해상도 애플 유전체 분석용 어레이로, 63종 사과 품종 기반으로 설계됨. 다배체성과 높은 다형성 문제를 극복하며 유전자 지도 작성, QTL 분석, GWAS에 적합. FruitBreedomics 컨소시엄과 공동 개발.
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Applied Biosystems™ Axiom™ Apple Genotyping Array
Axiom™ Apple Genotyping Array (Axiom_Apple480)는 Affymetrix Expert Design Program을 통해 FruitBreedomics 컨소시엄(www.FruitBreedomics.com)과 협력하여 설계되었습니다. 시퀀싱 및 마커 선정은 Fondazione Edmund Mach, INRA, Dalhousie University, Wageningen UR, University Di Bologna, Universita Degli Studi Di Milano의 전문가들이 수행했습니다.
96-포맷 어레이에는 63종의 Malus domestica 품종과 두 개의 더블 하플로이드 접근종의 전장 유전체 시퀀싱 데이터를 기반으로 식별된 마커가 포함되어 있습니다. 아래 표는 SNP 발견 과정에서 사용된 품종의 국가별 분포를 보여줍니다.
Axiom Apple Genotyping Array는 480,000개의 마커를 포함하며, Axiom™ Analysis Suite 소프트웨어와 함께 사과 유전체에서 흔히 발생하는 다배체성, 빠른 LD(연관 불균형) 소멸, 높은 다형성 문제를 효과적으로 해결합니다.
Array Highlights
- 매우 높은 다양성
- 전 세계 63종 M. domestica 품종에서 발견된 마커 포함
- LD의 빠른 소멸을 해결하기 위한 고해상도 설계
- 487,249개의 마커 포함
- MAF(소수 대립유전자 빈도) > 0.05인 일반 변이에 편향
- 21,463개의 검증된 마커 포함: 기존 20K FruitBreedomics Apple Array의 19,990개 마커 및 GBS(genotyping-by-sequencing)로 식별된 1,473개 마커
- 더블 하플로이드 접근종을 이용한 SNP 발견으로 상동 변이(paralogous variants) 제거
Applications
- 고해상도 유전자 지도 구축
- 양적 형질좌(QTL) 정밀 매핑
- 전장 유전체 연관 분석(GWAS)
Required Products
Table 1. Country of Origin and Number of Cultivars Used in SNP Discovery
| Country of Origin | Number of Cultivars |
|---|---|
| Australia | 1 |
| Central Europe | 39 |
| Canada | 1 |
| Iran | 1 |
| Simmental | 16 |
| Japan | 1 |
| New Zealand | 1 |
| Northern Europe | 4 |
| Russia | 9 |
| Tunisia | 1 |
| United States | 5 |
제품 사양
| 항목 | 내용 |
|---|---|
| 어레이 유형 | Genotyping |
| 어레이 수 | 96 arrays |
| 형식 | 96-array Plate |
| 종 | Apple |
| 용도(애플리케이션) | Microarray Analysis |
| 수량 | 1 plate |
| Unit Size | 1 plate |
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