Takara Streamlined single-cell mRNA-seq with the SMART-Seq HT Kit

Overview

• 자동화 최적화 워크플로우: 더 많은 샘플을 빠르게 처리하고 자동화 장비 공간을 효율적으로 활용
• 탁월한 감도: 최소 1개의 세포 또는 10 pg의 총 RNA로 시작 가능 (입력 범위: 1–100 cells 또는 10 pg–1 ng RNA)
• 고품질 RNA-seq 데이터: 전장 전사체 커버리지 확보, 낮은 rRNA 비율, GC-rich 전사체의 폭넓은 표현
• 단일 튜브 워크플로우: cDNA 합성과 라이브러리 준비를 각각 한 튜브에서 수행하여 샘플 손실 및 혼합 오류 최소화
• 향상된 시퀀싱 효율: 고유 듀얼 인덱스를 포함하여 다중 샘플 풀링 및 NovaSeq™ 시스템에서 신뢰성 있는 시퀀싱 가능
• 높은 라이브러리 수율: 고처리량 시퀀서(NovaSeq 등)에서 손쉽게 시퀀싱하거나 여분의 라이브러리를 보관 가능

SMART-Seq HT는 단순화된 워크플로우로 작업 시간을 줄입니다.

Workflow Comparison

Figure 1. SMART-Seq v4와 SMART-Seq HT kit 워크플로우 비교
SMART-Seq v4 방식(좌)은 SMART-Seq HT(우)로 개선되어 손작업 시간이 크게 단축되었습니다. FACS로 단일 세포를 획득한 후 SMART-Seq HT Kit은 단 3단계의 손작업만 필요하며, 기존 v4 키트는 6단계가 필요합니다.
핵심 단계는 One-Step RT-PCR Buffer를 사용하는 단일 단계 RT-PCR로, 역전사 및 PCR cDNA 증폭을 효율적으로 수행합니다. 이 Buffer는 AMPure bead 정제와 직접 호환되며 Lysis Buffer 추가가 필요 없습니다.
cDNA는 Illumina Nextera® XT DNA Library Preparation Kit으로 라이브러리화하여 시퀀싱에 사용합니다.

Performance Comparison

Table 1. SMART-Seq v4와 SMART-Seq HT 간 전사체 식별의 높은 일치도
10 pg Mouse Brain Total RNA로부터 라이브러리를 제작하였으며, Illumina Nextera XT DNA Library Preparation Kit을 사용하여 NextSeq® (2×75 bp)로 시퀀싱하였습니다. 모든 샘플은 13M paired-end reads로 정규화 후 분석되었습니다.

SMART-Seq HT PLUS 성능 비교

Figure 2. SMART-Seq HT PLUS는 Nextera XT보다 더 많은 라이브러리와 유전자를 식별함

• Panel A: SMART-Seq HT로 10 pg Mouse Brain Total RNA에서 cDNA를 3회 반복 생산
• Panel B: SMART-Seq Library Prep Kit은 Nextera XT보다 높은 라이브러리 수율 제공
• Panel C: SMART-Seq Library Prep Kit은 Nextera XT보다 10% 더 많은 유전자를 식별

Applications

• 단일 세포 또는 총 RNA로부터 전사체 시퀀싱용 cDNA 합성
• SS-HT kit의 cDNA 출력은 SMART-Seq Library Prep kit(HT PLUS kit 구성품)으로 Illumina 시퀀싱에 사용 가능

Additional Product Information

제품의 보관 조건, 구성품, 기술 사양은 Certificate of Analysis 및 Product Components List에서 확인 가능합니다. 관련 문서는 Documents 탭에서 제공됩니다.

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